萬歷初年，傅應禎因為秉直勸諫被投入詔獄，李禎與同僚喬巖、給事中徐貞明前往監獄探視他，結果被貶職為長蘆鹽運司知事。調任歸德推官、禮部主事，三次擔任順天府丞。萬歷十八年(1590)，洮、河地區出現警訊，他極力陳述貢市不是一種適宜策略，并趁機指責了邊防官吏的四大過失。神宗認為已經互市通貢了二十年，不應當追究開始的事，于是壓制了他的提議。他擔任右僉都御史巡視湖廣期間曾上書，說：“知縣梁道凝遵循吏職，反而被記錄下等考績，應該懲罰徇私的人以便告誡其他的人。推薦官吏不應該專門涉及高品級的人，像趙蛟、楊果等下級幕僚，也應當大肆表彰他們。”趙蛟、楊果是萬歷初年由吏員破格提拔的人。神宗的詔令都答復可以。他被招見并任命為左僉都御史，再調任戶部右侍郎。趙用賢因為拒絕婚事而遭攻擊，戶部郎中鄭材又詆毀他。李禎駁斥了鄭材的奏疏，話語觸犯了他的父親鄭洛。鄭材在氣憤中又上奏指斥李禎，李禎請求退休，神宗不允許。御史宋興祖請求將鄭材改派到其他的部以回避李禎，保全大臣的體統，神宗就將鄭材調出京城派往南京。李禎不久調往兵部升任左侍郎。萬歷二十四年(1596)，日本受封朝貢的事情不成，首輔趙志皋、尚書石星都遭彈劾。朝廷大臣討論戰守的情況，奏章全部下達到兵部。李禎等人說：“現在所討論的只是戰、守與封貢三件事。封貢則李宗城雖被招回，楊方亨依然在職。如果就此提議罷黜，不要說將中國的幾百人沉淪在異國他鄉，而且我方的兵糧還沒集結，形勢很難進行遠征。應該命令楊方亨靜候朝廷通告，文書來就封貢，不來就終止此議。我認為戰守是務實之舉，應該伺機應變。況且朝鮮一向遵守禮儀，我軍的駐地，應該嚴禁騷擾、劫掠。”所得的圣旨采納了他們的建議。但是他在奏疏中稱趙志皋、石星應當離職。神宗下詔責備李禎，只指令議論戰守的事情，為何擅自提及大臣的去留，姑且不予追究。趙志皋從此對李禎不滿。第二年，石星被治罪，神宗指令李禎負責部里的事務。李禎認為平壤、王京、釜山都是朝鮮的要地，請求修建一座大城，興屯田，開辟市鎮，同時陳述了戰守的十五條策略，都被同意施行。后來他又多次陳述方略。

　　四川遭敵寇襲擊。李禎上奏稱：“四川與陜西接壤，但是松潘地區一向沒有敵寇為患，是因為諸少數民族充當了屏障。自從俺答在西部放牧，隴右地區就一片騷亂。此后隴右防備森嚴，敵寇不能逞威，但禍亂就轉移到了四川。現在各少數民族大半都定居西部邊疆。我瀏覽地圖，從北部邊界延伸至西部由小路抵四川，最多不過九十里。幸賴層巖疊嶂、天險屹立，如鎮虜堡是漳腦的門戶，虹橋關是松城的咽喉。關堡之外，有嶺有崖，都可以據守。駐守阿玉嶺，敵人就不能翻越天險窺視堡寨。駐守黃勝場，敵人就不敢跨過塞墩而擾關。其他地方如橫山、寡石崖尤其險要，都應該趕緊商討設防，命令撫鎮大臣報告計劃。”神宗答復可以。