長江流域生態(tài)環(huán)境監(jiān)督管理局為生態(tài)環(huán)境部正局級派出機構，設在武漢，實行生態(tài)環(huán)境部和水利部雙重領導、以生態(tài)環(huán)境部為主的管理體制。長江流域生態(tài)環(huán)境監(jiān)督管理局在長江入海斷面以上流域和瀾滄江以西（含瀾滄江）區(qū)域，依據(jù)法律、行政法規(guī)規(guī)定和生態(tài)環(huán)境部授權或委托，負責水資源、水生態(tài)、水環(huán)境方面的生態(tài)環(huán)境監(jiān)管工作，主要承擔以下職責：1、組織編制流域生態(tài)環(huán)境規(guī)劃、水功能區(qū)劃，參與編制生態(tài)保護補償方案，并監(jiān)督實施；2、提出流域水功能區(qū)納污能力和限制排污總量方案建議；3、建立有跨省影響的重大規(guī)劃、標準、環(huán)評文件審批、排污許可證核發(fā)會商機制，并組織監(jiān)督管理；4、參與流域涉水規(guī)劃環(huán)評文件和重大建設項目環(huán)評文件審查，承擔規(guī)劃環(huán)評、重大建設項目環(huán)評事中事后監(jiān)管；5、指導流域內(nèi)入河排污口設置，承辦授權范圍內(nèi)入河排污口設置的審批和監(jiān)督管理；6、指導協(xié)調流域飲用水水源地生態(tài)環(huán)境保護、水生態(tài)保護、地下水污染防治有關工作；7、組織開展河湖與岸線開發(fā)的生態(tài)環(huán)境監(jiān)管、河湖生態(tài)流量水量監(jiān)管，參與指導協(xié)調河湖長制實施，河湖水生態(tài)保護與修復；8、組織協(xié)調南水北調等重大工程水源地水質保障；9、組織開展流域生態(tài)環(huán)境監(jiān)測、科學研究、信息化建設、信息發(fā)布等工作；10、組織擬訂流域生態(tài)環(huán)境政策、法律、法規(guī)、標準、技術規(guī)范和突發(fā)生態(tài)環(huán)境事件應急預案等；11、承擔流域生態(tài)環(huán)境執(zhí)法、重要生態(tài)環(huán)境案件調查、重大水污染糾紛調處、重特大突發(fā)水污染事件應急處置的指導協(xié)調等工作；12、指導協(xié)調監(jiān)督流域內(nèi)生態(tài)環(huán)境保護工作，協(xié)助開展流域內(nèi)中央生態(tài)環(huán)境保護督察工作；13、承擔生態(tài)環(huán)境部交辦的其他工作。